Os mirtilos, embora sejam plantas que se adaptam bem em Portugal, são vulneráveis a diversas pragas e doenças, nomeadamente a ferrugem, a podridão da raiz, a podridão agárica, e outras doenças causadas por fungos. Roedores e aves como o melro e o gaio podem prejudicar a colheita, mas a principal praga são diversas espécies de moscas-da-fruta.
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